自毛植毛には、株分けの方法や移植する際に使用する器具などにより、いくつかの種類に分けられます。
株分けの方法による自毛植毛の種類
パンチ式植毛法
採取したドナーを髪の毛10本ほどを1単位とする株（直径約3～4mm）に分け、これを薄毛部分に移植する植毛方法。
しかしながら、10本ほどを1単位とする株であったため、比較的移植毛数の少ない、生え際や分け目などの仕上がりが不自然になるという欠点があり、現在ではこの方法は採用されていません。
マイクロ（ミニ）植毛法
パンチ式植毛法の欠点を改善するために登場した植毛方法で、より細かく、自然な仕上がりを実現するために、採取したドナーを髪の毛1～5本ほどを1単位とする株に分け、これを薄毛部分に移植するやり方。
フォリキュラー・ユニット・トランスプランテーション（＝FUT）
現在、世界的に最も一般的な植毛方法で、髪が生える基本単位である毛包単位（＝解剖学的単位、フォリキュラー・ユニット、FU）に分け、これを薄毛部分に移植するやり方。
髪の毛は1つの毛包から約1～4本で生えているため、仕上がりはもちろんのこと、最も自然な形での移植のため、他の植毛方法よりも圧倒的に定着率の高い植毛方法。
また、「○○式」「△△式」などという表記をよく目にしますが、これは各々のクリニックが他社と差別化を図るためにつけた商標のようなもので、基本的にどのクリニックもFUT（フォリキュラー・ユニット・トランスプランテーション）を採用しており、これに若干のアクセントを加えたものを「○○式」や「△△式」と呼ぶようにしているようです。
移植する際に使用する器具による自毛植毛の種類
ニードル式
移植先に細い針（＝植毛針）を使用し、グラフトを1つずつ植えていく植毛方法。グラフトを植えつける方向や角度の自由度が高いため、柔軟にヘアラインをデザインすることが可能。
比較的移植毛数の少ない、生え際や分け目などの部分の移植に適しているやり方。
スリット式
移植先にメスで切れ込みを入れ、ピンセットなどでグラフトを1つずつ植えていく植毛方法。
ニードル式と比べると、グラフトを植えつける方向や角度の自由度は低いが、比較的移植毛数の多い、頭頂部などの広範囲部分の移植に適しているやり方。
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